Die SOKO Wien ist eine Spezialeinheit der Wiener Wasserschutzpolizei, die ihren Stützpunkt im Schatten der Reichsbrücke hat und mit pfeilschnellen Booten den längsten Fluss Europas, die Donau, überwacht. Im Mittelpunkt dieser Spezialeinheit stehen:
Elisabeth Wiedner, Ex-Agentin einer Spezialeinheit zur Terrorbekämpfung, und Christian Hennig, Ex-Europol-Agent und Fall-Analytiker. Die beiden sind wie Tag und Nacht und doch das ideale Team. Ihnen zur Seite steht einerseits der erfahrene Chef der Einheit Otto Dirnberger und andererseits die dynamischen Abteilungsküken Penny Lanz und Martin Patuschek.
Die Serie erzählt realistische Kriminalfälle.