Im Stil einer amerikanischen Polizeiserie erzählt „REEPERBAHN Spezialeinheit FD65" vom Kampf der ersten deutschen Spezialeinheit, der Fachdirektion 65, gegen das Organisierte Verbrechen im Deutschland der 1980er Jahre. Zentraler Schauplatz der Serie ist das Rotlichtmilieu auf der Reeperbahn in St. Pauli, wo sich ein brutaler Kampf um Geld und Macht entspinnt. „REEPERBAHN Spezialeinheit FD65" erzählt aus der Perspektive der Ermittler*innen, Zuhälter, Prostituierten, Polizeireporter und verantwortlichen Politiker vom Kampf zwischen Gut und Böse und den Grauzonen dazwischen.